目前，市场上出现的各种生物肥料，有粉剂或颗粒的，也有液体状态的。将它们施到土壤里，在适宜的条件下进一步生长、繁殖，一方面可以将土壤中某些难于被植物吸收的营养物质转换成易于吸收的形式，另一方面可以通过自身的一系列生命活动，分泌一些有利于植物生长的代谢产物，刺激植物生长。
菌肥的使用越来越受到经济作物区的重视，不论是在蔬菜还是果园提质增效离不了菌肥。这是因为生物菌作用很多，有预防土传病害、改土沃土、促进生长等多种功效。但在使用中，有的朋友反映菌肥提高了产量和品质，也有的说用了菌肥没看到效果。这与使用菌肥的方法密切相关，只有使用得当，才能让生物菌发挥出应有的作用。
作用及原理：
1、提高产量。
实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
2、改善品质。
微生物菌剂能有效地改善农产品品质。实践证明，施用微生物肥料收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高，籽粒、果实丰满光滑，蔬菜果品色泽亮丽，既好吃又好看，价值还高，还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。
3、增强作物的抗逆性能。
大多微生物菌剂中的有效菌，具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性，如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，同时还能有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高化肥利用率。
微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为速效钾、速效磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费。
5、改善土壤养分。
微生物菌剂有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。有效菌所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供应状况。
而要想生物菌肥达到良好的改良土壤及延长土壤使用寿命效果，必须保证菌体为活体状态，并且不断进行繁殖。也就是说，只有保证了所使用的生物菌为活体才能达到这一目的。那么，使用生物菌肥后如何保证它们处于活体状态呢？这需要从以下几个方面来做。
（1）菌肥肥效持续时间长。由于生物菌具有较强的生命力，一般肥效可达150～180天，一季作物只施用一次，即可满足作物一生的生长发育的要求。
（2）菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应限度地靠近作物根系，让其与作物根系限度地接触，才能充分发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2~3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线杀死菌种。
（3）菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15~20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥。如与有机肥料配合施用（每公顷配施商品有机肥80kg），可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。
（4）保持土壤适宜的温湿度条件：菌肥在土壤持水量30%以上、土壤温度在10～40℃、pH值在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。在土壤持水量小于30%时要及时浇水，并及时中耕松土以保持土壤墒情、提高土壤温度。
（5）配制营养土：一般取田园土（无农药污染的田园土）60kg，充分发酵腐熟的人、畜、禽粪便30kg，加复合菌肥10kg，充分搅拌均匀即可。该营养土可用于农作物、蔬菜、瓜果、果树等育苗、养苗等使用。
